北大附中是海淀区重点高中，它最大的特点是实行书院制。目前北大附共有七个书院。
七个书院分别命名为“格物”、“致知”、“诚意”、“正心”、“元培”、“博雅”、“道尔顿”。2014年，七个书院部分更名元培书院更名为明德书院，博雅书院更名为至善书院，道尔顿书院更名为新民书院。
新民是中招前提前招生的，就是所谓的国际部，面向全国招收不参加中国高考、三年后准备到国外就读大学的学生。无户籍限制，无国籍限制，学的课程都是为出国准备的，和其他学院学的课程不一样。
其余六个学院学的课程是一样的，师资没什么区别，所有课程全校通选。以前可能大家会觉得明德（元培）是搞竞赛的，都是学霸、至善是出国的、正心是文科的，不过现在这6个书院已经完全平行了，也就是说理论上这六个书院是没有任何区别的了，能选的课、老师也不会有任何区别。不过尽管是平行了，明德的学霸还是比较多一些，至善仍然是只想收出国，所以至善一个年级才30多人，其他书院在50-60人。
之所以划分书院，学校解释说是在于培养锻炼学生关注并解决身边公共事务的热忱与能力。作为学生行政组织，书院的意义在于“学生自治”。表现为：各书院自行制定章程，依据章程确定管理形式，民主产生管理机构。书院内各项事务均由学生自主管理，以此培养学生主动参与、沟通协商、承担责任、民主监督、自我管理等公民意识和能力。学校安排每周固定的时间和固定的地点进行书院议事会。同时，书院开展各具特色的书院活动，形成多样的书院文化。
