学校实行走班选课制度，分为行知学院（1-4），元培学院（5），博雅学院（6），道尔顿学院（7）。前4个学院只能在行知学院上课，5、6书院可以在任何学院上课。走班选课制度对学生来说最大的变化在于没有了班主任这个角色，学生根据自己个性化的课表到不同教室上课，可以培养学生的时间观念、自主选择和自理能力。

行知学院依据国家课程标准开设数学、物理、化学、生物、地理及英语等六个学科的国家必修和国家选修课程。面向国内高校升学。高一年级以必修课程为主，数学必修8学分，物理、化学、生物、地理必修各4学分。英语必修6学分。英语高一以英文文学原著阅读为主，分初、中、高三级。高二年级开设以上六科的国家课程选修系列一的所有课程。行知学院只有高一高二年级，学院课程以国家课程为主，学习常规的文科与理科科目，面向国内高校升学。在修满144分之后将在高三转入预科部，进行以高考为目的的复习备考训练。行知学院和元培学院三年之后将通过国内的高考完成升学，而博雅学院和道尔顿学院主要目标是出国留学。

元培学院强调深入学习、批判性思维及跨学科视野。强调课程的选择性与差异性，建立荣誉课程体系, 开设知识理论、综合科学实验等专属课程，以俱乐部方式开展学科竞赛。元培学院包含高一高二高三。作为拔尖创新人才培养课题项目基地，强调深入学习、批判性思维及跨学科视野。强调课程的选择性与差异性。与大学衔接，选修北大通选课、大学选修课。元培学院学生可依据相关规定在博雅学院、道尔顿学院自主跨年级选课。国内、国外升学多元选择。

博雅学院开设国家课程标准的语文、历史、政治课程，开设校本必修写作、文化研究选修等课程，同时开展人文俱乐部。各年级混选，学生需依照国家规定必修学分修满相关课程。学院课程强调阅读与写作，以线上课程保障学生随时随地的泛在学习，并强化知识点的全面覆盖；以线下讨论训练学生的批判性思维与合作学习的能力。依托线上线下混合学习，为每一个学生的个性化发展提供支持。博雅书院和道尔顿学院都是以出国留学为目的，最大区别在于学费。道尔顿学院的学生相当于其他高中的国际班，需要每年缴纳8万元的学费，而博雅书院只需缴纳国家规定学费。

道尔顿学院作为北大附中中外合作项目，是学校对外教育合作开放交流的基地。道尔顿学院开设英文课程和中外比较课程。

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